甲基化檢測技術

一、甲基化檢測

甲基化檢測主要分為兩大類，第一類非轉化法，有甲基化特異限制性酶切法和免疫共沉淀法。第二類是轉化法，有亞硫酸鹽轉化法和酶轉化法。

1.甲基化特異限制性酶切法

利用甲基化敏感性內切酶（如HpaⅡ）無法切割甲基化CpG位點的特性，通過酶切片段大小判斷甲基化狀態。低成本，簡便操作，適合快篩已知位點。局限：特定序列依賴，難辨部分甲基化，有假陽性風險，不適合混樣。

2.免疫共沉淀法

用5-甲基胞嘧啶抗體富集甲基化DNA片段，結合測序（MeDIP-seq）分析。全基因組覆蓋，無需預知甲基化位點，但分辨率低，抗體特異性要求高，對低甲基化區域不敏感。

3.亞硫酸鹽轉化法

亞硫酸鹽處理使未甲基化C→U，多重PCR靶向富集目標區域，高通量測序定量單堿基甲基化水平。高靈敏度檢測甲基化，質控嚴格，亞硫酸鹽處理或致DNA降解需優化。

4.酶轉化法

酶轉化法通過特定的酶反應將甲基化胞嘧啶轉化為尿嘧啶，避免了亞硫酸鹽處理的化學步驟，提供了一種更為直接和可能更精確的甲基化檢測手段。優點是模板損傷少，甚至可區分出羥甲基胞嘧啶，但轉化效率不全、有序列偏好性，樣本需求量大，商業化試劑盒昂貴，流程不成熟。

二、轉化后甲基化檢測方法

轉化后甲基化檢測方法多樣，例舉幾種常用方法。

1.焦磷酸測序測序峰圖清晰，只需要低模板起始量，但有效讀長只有60bp，無法獲取周圍CpG島信息。

2.克隆測序確定CpG甲基化頻率，500-800bp，每個位點需測序8-10次，但統計誤差較大，重復性差（與克隆數有關），操作繁瑣不宜大批量。

3.Hi-MethylSeq，翼和生物運用亞硫酸氫鹽處理與多重PCR技術，實現目標區間甲基化位點的精確定量分析，一次測序反應每個位點測序長度在150-200bp，深度一般為一千倍以上。

4.qPCR法通過特定的引物探針或染料檢測序列，實驗流程快速便捷，定量準確，但針對固定的檢測位點，覆蓋范圍有限，分辨率低，依賴引物/探針設計，通量受限。